На 18 ноември 1898 г. с Протокол № 9 учителският съвет при Държавното педагогическо училище взема решение за изграждане на музей. Съществуването на музея се узаконява с утвърждаване на Устава на 11 януари 1899 г. от министъра на народното просвещение Иван Вазов. Първият завеждащ музея е учителят по история Тодор Икономов.

През лятото на 1913 г., когато Южна Добруджа е анексирана от Румъния, със закриването на всички български училища, се затваря и музеят. За да се спаси богатата колекция от експонати, те са пренесени в музеите в Русе и София. В деня на румънската окупация силистренският учител Методи Божинов с големи трудности е успял да пренесе до София и предаде на Етнографския музей атрибутите на последния гръцки владика на Силистра. В Русе са занесени други ценни реликви, между които и златните съдове, подарени на града от Русия през 1828 г.

В периода на румънското управление на града учителят по история Перикле Папахаджи създава значителна колекция от материали от античността и средновековието, която експонира в сградата на румънската гимназия. През 1940 г., след връщането на Южна Добруджа на България, тази сбирка е отнесена в Констанца и Букурещ.

На 19 октомври 1941 година се състои учредително събрание, на което е поставено началото на Историко-етнографски музей в града. В приетия устав се посочват основните цели на музея, а именно: „а) да сплоти всички любители на историята и етнографията в околията; б) да действа в околията за събиране и запазване на всички етнографски ценности; в) да създаде специално помещение – музей, в който да се съхраняват всички исторически и етнографски ценности“. В управата на музея се включват Стоян Анастасов, Новак Петров, Йордан Игнатов, Димитър Железаров, Жечко Русев, Драган Бобчев, Атанас Неделчев и други представители на местната интелигенция. Поради липса на специални помещения, музеят се настанява в една от стаите на читалище „Доростол“.

През есента на 1942 г. в югоизточните покрайнини на Силистра е открита римска сводеста гробница от ІV в. Местният Историко-етнографски музей предприема проучване на гробницата под ръководството на секретаря на музея Новак Петров и Жечко Русев, член на неговия управителен съвет. Откриването на гробницата става сензация не само за научните среди, но и за цялата общественост. Пълно научно изследване на силистренската гробница, нейното устройство, декоративна система и стенописи прави академик Димитър П. Димитров. Поради липса на подготвени специалисти в областта на археологията и музейното дело, ръководството на музея често търси методическа и научна помощ от Археологическия институт в София.

Затрудненията от финансово и организационно естество, които Историко-етнографския музей среща, предопределят по-нататъшната му съдба. На общо събрание на членовете на музея от 23 април 1943 г. се взема решение да прекрати съществуването си като самостоятелна институция и предаде имуществото си и събраните предмети на читалище „Доростол“, което да определи уредник на музея и да гласува отделен бюджет.

През 1947 г., под ръководството на кмета на града Тодор Топоров, учителя Жечко Русев и общественика Тодор Данев се провежда първото събрание за учредяването на музеен съвет. В него влизат адвокатът Константин Абаджиев, секретар Теодора Гигова, уредник Жечко Русев и членове: Тодор Топоров, Драган Бобчев, Атанас Неделчев, Борис Данев и Цветана Хаджидимитрова. Управата на града решава музеят да се помещава в тогавашната сграда на печатница на в-к „Свободна Добруджа“.

В периода 1947-1951 година уредник на музея е Жечко Русев. От 1951 г. с министерско постановление № 1608 музеят преминава към Околийския народен съвет и за уредник е назначена Цветана Хаджидимитрова.

С решение на ИК на ОНС – Русе от 26 юни 1952 г. се създава охраняема зона около Римската гробница и се изграждат първите защитни съоръжения. Съставя се комисия от арх. Марин Данев, Цветана Хаджидимитрова и Крум Шопов, които заснемат и описват всички паметници и музейни сбирки в околията. Регистрирани са 22 архитектурни паметници и 113 надгробни могили.

През 1954 г. на музея в Силистра се предоставя нова сграда по ул. „Илия Блъсков“, в която се подрежда за първи път постоянна музейна изложба „Каменно-медна епоха и родовото общество“.

След 1959 г., когато е създаден Силистренски окръг, се приема съвместен план с Института по опазване паметниците на културата за укрепване, консервиране и възстановяване на паметниците на културата в окръга. Създават се условия за реставрация на крепостта „Меджиди табия“ и крепостната стена на р. Дунав, извършват се археологически разкопки съвместно с Археологическия институт при БАН при с. Попина. Провеждат се експедиции по селищата на окръга, в резултат на което фондът се обогатява през 1961-1962 г. с ценни и оригинални експонати като римските: бронзов шлем-маска, мраморна статуя на жена, глава на лъвче, слънчев часовник и др.

На 1 юли 1961 г. музеят се мести в сградата на бившия затвор, заедно с дворното място по ул. „Отец Паисий“. В 23 общини се откриват изложби, за които се събират над 1000 предмета. С тях се подрежда голяма етнографска изложба в гр. Силистра, която се открива на 4 октомври 1961 г. Изложбата е подредена в 8 зали, 2 фоайета и заема 155 линейни метри.

На 1 април 1962 г. в една от залите на музея се открива първата по рода си изложба в страната „Икономическо и културно развитие на гр. Силистра след 9.ІХ.1944 година“.

През 1964 г. по случай 20-годишнината от социалистическата революция в България, в салона на читалище „Доростол“ музейните специалисти подреждат голяма изложба, посветена на работническото революционно движение в Силистренски окръг.

През 1966 г. се завършват строителните работи и реставрацията на крепостта „Меджиди табия“ и сградата на етнографския музей. Същата година започват първите спасителни археологически проучвания на римския град Дуросторум.

През 1967 г. официално са открити първите постоянни експозиции на музея: археологическата в крепостта „Меджиди табия“ и етнографската – в Етнографския музей.

През 1968 г. е направено изключително археологическо откритие в Силистра – гроб на висш римски военен, положен с цялото си въоръжение и личната си колесница.

През 1969 г., съвместно със СУ „Климент Охридски“, се поставя началото на планомерните разкопки на средновековния град Дръстър.

С Решение на МС № 627 от 28 декември 1971 г. е открит Национален архитектурно-археологически резерват „Дуросторум – Дръстър – Силистра“.

През 1978 г. в Художествената галерия музеят открива още две постоянни експозиции: „История на капитализма и революционното работническо движение“ и „Социалистическо строителство“. В с. Калипетрово се оформя и открива етнографски комплекс.

През 1990 г. официално е открита новата археологическа експозиция в обновената сграда на Археологическия музей.

С ПМС № 80 от 7 април 2006 г. Историческият музей в Силистра придобива статут на Регионален исторически музей.

През 2012 г. археологическата експозиция на музея е изцяло обновена, като са изложени копие на римската колесница и макет на средновековния град.

В периода 2014-2015 г., по време на изкопни работи за подмяна на канализационната мрежа на града, са разкрити и проучени над 30 археологически обекта – основно антични и средновековни, сред които епископска и патриаршеска базилики, непозната крепостна система на античния Дуросторум, османска укрепителна система, десет римски представителни сгради.